Am 30. Mai 1862 war es dem Unions-General Halleck gelungen, mit seinen 110000 Soldaten die Stadt Corinth (Mississippi) zu besetzten. Jetzt erwartete man von ihm die Erfüllung mehrerer Aufgaben, die er aber Mangels genügender Mittel nicht gleichzeitig bewältigen konnte. Kriegsminister Stanton und General Grant waren der Ansicht, dass das Nachsetzen der zurückweichenden Rebellen und die gleichzeitige Einnahme von Vicksburg (Mississippi) am wichtigsten sei. Halleck selber war jedoch anderer Meinung. Er hielt es für wichtiger, die Ordnung aufrechtzuerhalten, in dem er Besatzungstruppen organisierte. Außerdem musste das zerstörte Eisenbahnnetz wieder repariert werden, um den Nachschub für seine Truppen zu sichern. Die wichtigste Aufgabe aber, die nach Hallecks Ansicht zu bewältigen war, war die Entsendung von Unionstruppen nach Chattanooga (Tennessee), um das östliche Tennessee zu befreien. Diese Unionstruppen, die aus 40000 Soldaten bestanden, wurden von General Don Carlos Buell befehligt. Buell war ebenso ein zurückhaltender General, wie General McClellan, der von Sturmangriffen und großen Schlachten nicht viel hielt. Statt dessen sollte der Gegner durch taktische Manöver zur Bildung einer geschlossenen Formation gehindert werden. Er sollte keine Chance haben, seine verstreuten Kräfte zu einer schlagkräftigen Streitmacht zu vereinen.
General Buell war ein humaner Mann. Obwohl Partisanen häufig die Nachschublinien zerstörten und anschließend bei der Zivilbevölkerung Unterschlupf fanden, ließ er letztere in Ruhe. Auch Nahrungsmittel, die dadurch immer knapper wurden, ließ er bei der Bevölkerung nicht eintreiben. Statt dessen wurden die zerstörten Gleise und Brücken immer wieder instand gesetzt, was den Vorstoß nach Chattanooga enorm verlangsamte. Mitte Juni war Buell von Corinth aufgebrochen und hatte nach drei Wochen noch nicht einmal die Hälfte des Weges hinter sich. Am 8. Juli erreichte die Unions-Armee den kleinen Ort Stevenson im nördlichen Alabama. Hier wartete Buell auf Proviant für seine Armee, das mit der Bahn von Nashville aus hierher transportiert werden sollte. Buell wartete aber vergebens. Denn in Murfeesboro, ein kleiner Ort, der auf der Bahnstrecke lag und in dem eine kleine Garnison der Union stationiert war, kam es zu einem Überfall, der von konföderierten Kavalleristen verübt wurde. Unter der Führung von Nathan Bedford Forrest wurde die Garnison bei diesem Überfall von den Konföderierten eingenommen. Anschließend wurden die Gleisanlagen zerstört, womit die Nachschublinie der Unions-Armee unterbrochen wurde. So schnell wie Forrest mit seinen Soldaten gekommen war, so schnell war er auch wieder verschwunden. Buell blieb nun nichts anderes übrig, als die Gleisanlagen wieder reparieren zu lassen. Aber auch das nützte nicht viel. Denn kaum war die Arbeit beendet, schlug Forrest erneut zu, indem er drei Brücken südlich von Nashville zerstörte, die für die Nachschublinie ebenfalls wichtig waren.
Durch diese Attacken verzögerte sich der Vormarsch nach Chattanooga um weitere zwei Wochen. Mittlerweile wurde General Halleck ungeduldig. Er monierte das langsame Vorgehen und mahnte Buell an, sich endlich schneller zu bewegen. Buells Erklärungen wurden nicht akzeptiert, im Gegenteil, man drohte sogar damit, ihn abzulösen. Transporte mit der Eisenbahn hatten zwar den Vorteil, dass wesentlich mehr Soldaten und Nachschubgüter schneller und weiter befördert werden konnten als zu Pferde, die Bahn war aber in einem Gebiet, in dem der Feind von der Bevölkerung auch noch unterstützt wurde, zu verwundbar. Gleisanlagen, Brücken und auch Tunnel konnten von der Unions-Armee nicht überall geschützt werden. So ließen konföderierte Soldaten, die unter dem Kommando von General John Hunt Morgan standen, brennende Güterwagen in einen Tunnel rollen, wobei das Feuer auf die Stützbalken überging und den ganzen Tunnel zum Einsturz brachte. Der Anschlag ereignete sich nördlich von Nashville, wobei das wichtigste Nachschublager in Louisville von der Unions-Armee entgültig abgeschnitten wurde.
Unterdessen hatte der neue Befehlshaber der Konföderierten Armee Braxton Bragg den Plan gefasst, mit seiner 34000 Mann starken Armee in Kentucky einzufallen, und zwar von Chattanooga aus. Er hoffte, dass Buell ihm dabei folgen würde, so dass er ihn dann in der Flanke angreifen könnte. Zunächst hatte er aber das Problem vor sich, seine Truppen von Mississippi aus nach Chattanooga zu bekommen. Entgegen allen Regeln der Konföderierten benutzte er dabei paradoxerweise die Eisenbahn. Allerdings nahm er nicht den direkten Weg, den auch Buell genommen hatte, sondern einen rund 1250 Kilometer langen Umweg. Außerdem sollte General Edmund Kirby Smith mit seinen 21000 Mann vom 160 Kilometer weiter östlich liegendem Knoxville aus nach Norden vorstoßen. Am 14. August 1862 verließ Smith die Stadt und umging bei seinem Marsch eine 8000 Mann starke Unionstruppe, die im Cumberland Gap stationiert war. Nach zwei Wochen erreichte er Richmond in Kentucky. (Nicht zu verwechseln mit Richmond in Virginia). Hier stieß er auf erheblichen Wiederstand der Union, den er aber in einem kurzen Gefecht zerschlagen konnte. Nachdem er seinen Marsch fortgesetzt hatte, erreichte er schließlich Lexington (Kentucky), in dessen näheren Umgebung er seine Soldaten stationieren ließ.
Vierzehn Tage nach Smiths Abmarsch, am 28. August 1862, setzte sich auch Bragg mit seinen 30000 Soldaten von Chattanooga aus in Bewegung. Wie erwartet, lies Unions-General Buell seine Truppen von Stevenson aus ebenfalls in Richtung Kentucky marschieren. Auf einen Angriff musste Bragg zunächst aber verzichten, da Buells Armee zahlenmäßig überlegen war, zumal sie noch durch zwei Divisionen von Grant verstärkt wurde. Aber auch Buell tat nichts, um den unaufhörlichen Vormarsch der Konföderierten zu stoppen, ganz zum Ärgernis von Präsident Lincoln und General Halleck. Sie ließen ihm immer wieder die Nachricht zukommen, dass sein Vormarsch zu langsam sei und das sich der Feind wesentlich schneller bewege. So gelang es Bragg, ohne Probleme die Grenze von Kentucky zu überschreiten. Seine erste Aufgabe bestand darin, alle Männer Kentuckys aufzufordern, für den Süden zu kämpfen. Die Begeisterung hielt sich aber in Grenzen. Die Männer, die bereit waren, hatten ihren Dienst schon längst in der konföderierten Armee angetreten, die anderen wollten lieber abwarten, wer nun wirklich der Sieger ist. Denn für eine ständige Besetzung Kentuckys waren die Konföderierten einfach nicht gut genug ausgerüstet. Als General Buell in Louisville eintraf, dachte Bragg daran, ihn nun anzugreifen. Da er aber wusste, dass seine Streitmacht für einen solchen Angriff immer noch zu klein war, beschloss er, sich erst mit Smiths Armee in Bardstown - 56 Kilometer südlich vor Louisville - zu vereinigen. Während die beiden Generäle in der Zwischenzeit an den Feierlichkeiten teilnahmen, die zu Ehren des neuen konföderierten Gouverneurs von Kentuckys stattfanden, hatte sich General Buell endlich dazu aufgerafft, die Konföderierten anzugreifen. Was folgte, war die Schlacht von Perryville, die für beide Seiten außer hohe Verluste nichts eingebracht hatte.