Nach der Sieben-Tage-Schlacht hatte sich General McCellans Potomac-Armee nach Harrison´s Landing am James River zurückgezogen, der zusammen mit dem weiter nord-westlich liegendem York River eine Halbinsel bildet. Eine nicht gerade ruhmreiche Tat, wenn man bedenkt, dass McClellan ursprünglich vor hatte, in Richmond (Virginia) einzumarschieren, und das er während der Schlacht alle Gefechte - bis auf eines - gewonnen hatte. Seine ständige Angst jedoch, einen übermächtigen Feind vor sich zu haben - was gar nicht der Fall war - machte ihn zum Leidwesen Lincolns übertrieben vorsichtig. Dieser war mittlerweile überzeugt davon, dass McClellan General Lee nicht mehr angreifen würde. Daher lehnte er auch eine Verstärkung der Potomac-Armee durch 50000 Mann ab, nachdem sich McClellan bereit erklärt hatte, hiermit eine neue Offensive zu wagen. Lincoln war sich sicher, das McClellan immer wieder einen stärkeren Gegner vor sich sehen würde, selbst wenn er dessen Armee mit 100000 Mann verstärken würde. Am 13. Juli 1862 beorderte General Lee 12000 Soldaten zum Eisenbahnknotenpunkt Gordonsville, nordwestlich von Richmond. Kommandeur dieser Truppe war General "Stonewall" Jackson. Weitere 13000 Mann unter A. P. Hill sollten ebenfalls dorthin vorstoßen, um Jackson zu unterstützen. Zwar waren Jacksons Leistungen im Sieben-Tage-Krieg mehr als miserabel, sein zuvor erfolgreicher Feldzug im Shenandoahtal machte ihn aber berühmt und sein Name veranlasste Lincoln und Halleck - dem Oberbefehlshaber der Unions-Armee seit Juli 62 - zu geeignete Gegenmaßnahmen.
Diese Gegenmaßnahmen sahen so aus, dass McClellans 100000 Mann starke Potomac-Armee nun von der Halbinsel abrücken musste, um sich mit General John Popes 50000 Mann starken Armee zu vereinigen, die ebenfalls auf den Weg nach Gordonsville war. Pope brüstete sich sofort damit, im Westen nur den Rücken des Feindes gesehen zu haben, während er den östlichen Truppen ihre ständige Rückzugstaktik vorwarf, was seine Beliebtheit nicht gerade vergrößerte. Als General Lee über Lincolns Maßnahmen informiert wurde, ließ er den größten Teil seiner Truppen mit der Bahn 95 Kilometer näher an Gordonsville heranführen. McClellans Soldaten hatten einen längeren Weg vor sich. Sie mussten zunächst mit dem Schiff den James River hinunter, die Cheaspeake Bay entlang und schließlich den Potomac River hinauffahren. Bevor die Potomac-Armee ihr Ziel erreichte, kam es bereits am 9. August zum ersten Gefecht. General Jackson stellte sich an diesem Tag am Cedar Mountain, 32 Kilometer nördlich von Gordonsville, zwei Vorausdivisionen entgegen, die unter seinem Widersacher aus dem Shenandoahtal General Banks standen.
Banks, der hier eine Gelegenheit sah, seine Schmach im Shenandoah wieder gut zu machen und darauf hoffte, baldigst verstärkt zu werden, blies sofort zum Angriff, obwohl er zahlenmäßig unterlegen war. Jackson war hiervon so überrascht, dass es Banks tatsächlich glückte, die Brigade in die Flucht zu schlagen. Zwar gelang es A. P. Hills Divisionen daraufhin, seinerseits Banks wieder zurückzudrängen, dessen Divisionen konnten innerhalb von zwei Tagen aber wieder durch Popes Armee verstärkt werden, so dass es beiden gelang, Jackson zum Rückzug nach Gordonsville zu zwingen. In der Zwischenzeit wuchs die Armee von General Lee wieder auf 55000 Mann an. Ca. ein Drittel ließ er zur Sicherung in Richmond zurück. Mittlerweile hatte sich das Kampfgeschehen bis zum Rappahannock River verlagert. Zehn Tage lang gab es immer wieder Gefechte mit der gleichstarken Armee von Pope. Dieser wartete auf die Verstärkung durch McClellans Truppen, um endlich zum großen Gegenschlag ausholen zu können. Das wollte Lee aber verhindern. Popes Armee musste geschlagen sein, bevor die Verstärkung eintreffen würde. Lees Maßnahmen wiedersprachen alle zu dieser Zeit gültigen militärischen Lehrsätze. Statt seine Armee zusammenzuhalten, was man bei einem gleich starken Gegner hätte tun sollen, teilte er diese auf und befahl Jackson, entlang der feindlichen Front nach Manassas zu marschieren, wo die Union ein Depot mit Vorräten eingerichtet hatte. Dabei ließ er seine Armee zunächst in Richtung Nordwesten marschieren, so dass Späher der Union glaubten, er wäre wieder auf den Weg ins Shenandoahtal.
Was sie aber nicht sahen, war dann der Rechtsschwenk nach Osten am 26. August. So erreichte Jacksons Armee ohne große Probleme das Vorrats-Depot von Manassas, das, nachdem sich die Soldaten reichlich bedient hatten, in Flammen aufging. General Pope hatte in der Zwischenzeit von der Aufteilung der konföderierten Armee erfahren, und sah nun eine günstige Gelegenheit, Jackson zu vernichten. Das war aber leichter gesagt als getan, denn Jackson Truppen waren nach der Vernichtung des Vorrats-Depots untergetaucht. Späher der Union glaubten nun, den Gegner an verschiedenen Stellen gesehen zu haben. Was folgte, waren Befehle und Gegenbefehle, die schließlich zu einer Versprengung der Unions-Armee führten. Zu diesem Zeitpunkt wäre es Vorteilhaft gewesen, wenn Popes Truppen nun durch die Potomac-Armee verstärkt worden wären. Aber McClellan weigerte sich, Hilfe zu schicken. Sein Ärger darüber, dass seine Korps nun unter Popes Kommando stehen sollte, war einfach zu groß. Selbst Oberbefehlshaber General Halleck konnte sich nicht durchsetzten. Unterdessen waren auch Lee und Longstreet mit ihren Armeen auf den Weg nach Jackson, der sich mittlerweile einige Kilometer westlich des alten Schlachtfeldes von Manassas aufhielt. Am 28. August waren beide Generäle nur wenige Kilometer von Jackson entfernt und dieser wusste, dass die ersten Truppen von Longstreet am Folgetag auf ihn stoßen würden. An diesem Abend jedoch wurde Jacksons Armee von mehreren Unions-Brigaden aufgespürt. Bei einem Feuergefecht musste Jackson erhebliche Verluste hinnehmen, aber auch die Unions-Brigaden kamen nicht ungeschoren davon. Jedenfalls wusste General Pope nun, wo sich Jacksons Armee aufhielt. In der Hoffnung, den Gegner entgültig zu vernichten, zog Pope nun seine versprengten Korps zusammen.
Am 29. August 1862 ging er dann zum Angriff über, und hier machte er einen entscheidenden Fehler. Da er der Ansicht war, Jackson plane den Rückzug zu Longstreet, wartete er nicht ab, bis alle Divisionen beisammen waren, um dann mit seiner geballten Streitmacht gegen den Feind vorzugehen. Statt dessen schickte er seine Division nach und nach zum Agriff. Jackson hatte aber gar nicht die Absicht, sich zurückzuziehen. Im Gegenteil, Longstreet war - wie oben schon erwähnt - auf dem Weg zu ihm. So kam es, dass Popes Soldaten einen Feind angriffen, der sich in Wirklichkeit in Gräben und hinter Aufschüttungen einer Bahntrasse verschanzt hatte. So wurden die Unions-Truppen, bei dem Versuch, die Linien des Gegners zu durchbrechen, immer wieder zurückgeworfen, obwohl Pope ca. 10000 Soldaten mehr zur Verfügung hatte als Jackson. Und es hätten auch noch mehr sein können. Denn die Korps der Generäle McDowells und Porters wurden am Morgen durch weitere 30000 Mann verstärkt, aber keiner der beiden kam Pope zu Hilfe.
McDowell (20000 Soldaten) war scheinbar die ganze Zeit auf der Suche nach dem Feind und Porter (10000 Soldaten) befürchtete eine Niederlage angesichts von Longstreets Übermacht. Selbst als Pope ihm befahl anzugreifen, verweigerte er den Befehl, wofür er später vors Kriegsgericht gestellt wurde. Unterdessen wurde Longstreet von Lee aufgefordert, zum Angriff überzugehen, um Jackson zu entlasten. Dieser weigerte sich zwar nicht, aber er empfahl Lee, von diesem Angriff abzusehen, da er wiederum eine gegnerische Übermacht durch McDowell und Porter vermutete, worauf Lee den Befehl zurücknahm. Da die Entfernungen einzelner konföderierter Brigaden zum Feind unterschiedlich groß waren, mussten sich einige Brigaden wieder zurückziehen, um die Front zu begradigen. Dieses Manöver interpretierte Pope fälschlicherweise als Rückzug des Feindes. Davon überzeugt, die Schlacht gewonnen zu haben, schickte er eine Siegesmeldung nach Washington. Nach seiner Ansicht musste er jetzt nur noch dem Feind nachsetzten, um ihn schließlich komplett auszulöschen. Am 30. August wurde er jedoch eines besseren belehrt. Bei einem ersten Vorstoß seiner Soldaten wurden diese von den Konföderierten mit einem Kugelhagel empfangen. Nachdem sich die Unions-Truppen daraufhin wieder gesammelt hatten, gingen sie zu einem zweiten Angriff über. Dieser Angriff schien zunächst auch erfolgreich zu verlaufen. In letzter Sekunde jedoch griff Longstreet mit seinen Kanonen in die Schlacht ein. Anschließend befahl er fünf Divisionen zum Gegenangriff auf die linke Flanke des Feindes. Diese war geschwächt, da sich der größte Teil der Unions-Soldaten auf der rechten Flanke befanden, um Jackson zu bekämpfen.
Nachdem die linke Flanke überrollt war, konnte Longstreet nun immer weiter bis nach Jackson vorstoßen, wo sie beide dann Popes Truppen bis zum Henry House Hill zurückdrängten. Hier gelang es der Union zwar den Vorstoß der Konföderierten zu stoppen, angesichts der aussichtslosen Lage jedoch, entschied sich Pope, sich in Richtung Washington zurückzuziehen. 32 Kilometer vor Washington musste er sich schließlich noch einmal gegen zwei Divisionen von Jackson verteidigen, was ihm auch gelang, bevor er sich nun entgültig hinter den Verteidigungsanlagen der Hauptstadt verschanzte. Das Kriegsgeschehen war nun 32 Kilometer vor Washington verlagert worden. Ein ungeheurer strategischer Erfolg für die Südstaaten, wenn man bedenkt, dass noch einen Monat zuvor die Nordstaatler 32 Kilometer vor Richmond stationiert waren.