Nach der Schlacht am Chickamauga am 19. und 20. September hatten die vorgerückten Unionstruppen unter General Rosecrans panikartig die Flucht zurück nach Chattanooga (Tennessee) ergriffen. Auch General Thomas hatte mit seinen Soldaten in der Stadt Zuflucht gesucht, allerdings nach einem geordneten Rückzug. Statt den Feind aber nun zu Verfolgen um ihn zu vernichten, entschied sich der konföderierte General Bragg für eine Belagerung der Stadt; sehr zum Missfallen seiner Kommandeure. Dennoch schien es bis Mitte Oktober so, als würde Bragg mit seiner Taktik recht behalten. Durch Artillerie, die auf dem Lookout Mountain im Süden und auf dem Missionary Ridge im Osten der Stadt, sowie an den Flüssen im Westen stationiert war, konnte die Nachschublinie der Union von den Konföderierten kontrolliert werden. Die Lebensmittel wurden immer knapper, so dass die Bevölkerung in der Stadt mit der halben Ration auskommen musste. Nun war es allerhöchste Zeit, der eingeschlossenen Unionsarmee zu helfen. Bereits Ende September erhielt General Joe Hooker den Befehl, zwei Divisionen mit einer Gesamtstärke von 20000 Soldaten von der Potomac-
Die Lösung des Problems sah Präsident Lincoln in der neuen Besetzung der Führungsposition. Dafür gab es keinen geringeren als General Ulysses Simpson Grant. Er sollte auch die Entscheidung treffen, ob General Rosecrans abgesetzt werden sollte oder nicht. Obwohl Grant General Thomas nicht besonders schätzte, hielt er es dennoch für besser, Rosecrans durch ihn ablösen zu lassen. Nachdem Grant am 23. Oktober in Chattanooga angekommen war, verschaffte er sich zunächst einen Überblick über die Lage. Das erste, was nach Ansicht des Generals geschaffen werden musste, war die Öffnung einer neuen Nachschubroute, die schließlich bei Bridgeport ihren Anfang hatte. Dazu wurde in der Nacht vom 28. bis 29. Oktober eine Einheit der Konföderierten ausgeschaltet, die an der Route bei Brown´s Ferry stationiert war. Danach konnte der Transport von Lebensmittel endlich beginnen. Da der nahrhafte Zwieback ein Hauptnahrungsmittel war, wurde die Route von den Soldaten "cracker line" genannt.
Mitte November lag die Truppenstärke der Union bei ca. 70000 Soldaten. Sie setzte sich zusammen aus den 35000 Soldaten, die nach Chattanooga geflüchtet waren, Hookers 20000 Soldaten und aus 17000 Soldaten, die unter Sherman den Schauplatz etwas später erreicht hatten. Während die Generäle der Union alles daran setzten, ihre Armee zu stärken, hatten die der Konföderation scheinbar nichts besseres zu tun, als sie zu demontieren. Das lag an dem Kampf und den erbitterten Fehden innerhalb der Führungsebenen. Bragg hatte General Polk entlassen, weil er einen Angriffsbefehl bei der Schlacht am Chickamauga zu spät ausführte. Auch gegen andere Generäle ging Bragg vor, da diese nach seiner Ansicht bei ihren Attacken zu langsam waren. Wieder andere waren immer noch verärgert, da Bragg dem geschlagenen Feind nicht nachgesetzt hatte, so dass sie sich weigerten, weiterhin unter ihm zu dienen. Das ging so weit, dass eine Reihe von Generälen eine Petition unterzeichneten, in der sie Braggs Absetzung forderten. Schließlich traf Präsident Jefferson Davis persönlich in Braggs Hauptquartier ein, um den Streit zu schlichten. Der einzige würdige Nachfolger von General Bragg wäre nach Jeffersons Ansicht General Longstreet gewesen. Dieser lehnte jedoch ab und schlug andere Generäle vor, die aber wiederum von Jefferson abgelehnt wurden. Also blieb nichts anderes übrig, als Bragg in seinem Amt zu belassen. Die einzige Möglichkeit die Wogen zu glätten, sah Jefferson darin, einige Generäle an andere Kriegsschauplätze zu versetzten; so auch Longstreet, der mit 15000 Soldaten nach Knoxville abkommandiert wurde, um die Stadt zurückzuerobern, was ihm aber nicht gelang.
Zwar hatte Jefferson so die Streithähne auseinandergebracht, Braggs Armee wurde dadurch aber um ein Viertel reduziert. General Grant wurde langsam ungeduldig. Er wollte möglichst schnell angreifen, musste aber noch auf die Verstärkung von Sherman warten, die erst Mitte November den Schauplatz erreichte. Danach aber -
Am 24. November war es dann soweit. Hooker stürmte mit drei Divisionen den Nordhang des Lookout Mountain hinauf, wo sich drei Brigaden der konföderierten Armee verschanzt hatten. Zwar mussten die Unionssoldaten den Gegner berauf angreifen, große Felsbrocken und umgestürzte Bäume boten allerdings genügend Schutz, so dass es ihnen ohne große Mühe gelang, ihn aus seiner Stellung zu vertreiben. Wegen der Nebelschwaden, die ebenfalls einen gewissen Schutz boten, wurde der Angriff später "Schlacht über den Wolken" genannt. Sherman hatte an der anderen Seite der gegnerischen Front nicht so viel Glück. Er hatte zwar keine Probleme damit, die konföderierten Soldaten auf dem Tunnel Hill zu vertreiben, jedoch gehörte der Tunnel Hill wiedererwartend nicht zur Bergkette des Missionary Ridge. Zwischen beiden Bergen klaffte eine mit Geröll übersäte Schlucht. Als Sherman nun am 25. November das Hauptmassiv des Missionary Ridge angreifen wollte, stellte sich ihm ein gewisser Patrick Cleburne in den Weg, der auch "der Stonewall des Westens" genannt wurde. Cleburne machte seinem Namen alle Ehre, indem er Shermans Attacken immer wieder abwehrte. Auch Hookers weiterer Vormarsch zum Missionary Ridge wurde durch zerstörte Brücken und blockierte Wege gebremst. Jetzt sah sich Grant dazu gezwungen, Thomas doch noch den Befehl zu einem Angriff zu geben. Es sollte aber nur ein begrenzter Sturmangriff auf die erste Reihe der Schützengräben sein. Auf diese Weise sollte die Aufmerksamkeit der Konföderierten auf die Mitte der Front gelenkt werden, um die beiden Flanken zu entlasten. Auf einer drei Kilometer breiten Linie marschierten daraufhin 25000 Unionssoldaten gegen die gegnerische Front am Missionary Ridge. Das Gelände bot keinen Schutz, so dass man dieses Manöver als sehr riskant bezeichnen konnte. In Gettysburg hatte es ebenfalls einen derartigen Angriff gegeben. Hier waren es aber die Konföderierten, die auf diese Weise gegen den Feind vorgingen. Während das Bild von einer so großen Anzahl Soldaten auf die Yankees in Gettysburg scheinbar keinen besonderen Eindruck vermittelt hatte, wirkte es sich hier auf die Konföderierten verheerend aus. Denn als die Unionssoldaten in Schussweite waren, ergriff der Feind panikartig die Flucht. Damit hatte Thomas den Befehl hundertprozentig ausgeführt. Dennoch war der Kampf noch nicht zu Ende. Für die weiter oben stationierten konföderierten Soldaten boten die Yankees ein leichtes Ziel, da diese keine Möglichkeit hatten, in Deckung zu gehen. Was sollte man also tun? Sich zurückziehen? Auch hierbei hätte man unter Beschuss genommen werden können. Also entschloss man sich, gegen den Feind den Berg hinaufzuklettern, ein Manöver, was normalerweise kein General befohlen hätte. Und so war es nicht verwunderlich, dass Grant nicht glauben wollte, was er da sah. Genauso ging es aber auch den Konföderierten. Der Anblick der entschlossenen Yankees versetzte sie so in Panik, dass auch sie hier ihre Stellungen verließen und die Flucht ergriffen.
Damit waren die Stellungen auf dem Missionary Ridge, die selbst Grant für uneinnehmbar hielt, erobert und der Feind, der sich bis nach Atlanta (Georgia) zurückzog, war besiegt. Auch Bragg hielt sie für uneinnehmbar und hatte keine Entschuldigung für seine Niederlage. Nach seiner Ansicht hätte man die Stellungen ohne große Gegenwehr verteidigen können. Drei Tage nach der Schlacht reichte Bragg sein Rücktrittsgesuch ein, indem er deutlich machte, dass die Entscheidung, ihn als Kommandeur zu behalten, falsch gewesen sei. Die untereinander zerstrittenen Generäle hatten einen negativen Einfluss auf die Moral der konföderierten Armee, was wohl als Erklärung für deren Niederlage anzusehen ist. Braggs Nachfolger wurde General Joseph Johnston, einer der von Longstreet vorgeschlagenen Generäle, die Präsident Jefferson eigentlich nicht als Kommandeur haben wollte.