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Zur Ausstattung der Expedition gehörten Waffen und Lebensmittel, sowie Handelswaren für die Indianer, mit dessen Begegnung man rechnete. Außerdem wurden Gerätschaften wie Thermometer, Sextant und medizinische Instrumente mitgenommen. Als Transportmittel benutzten die Männer ein ca. 18 Meter langes Kielboot und zwei größere Kähne. Da der Ausgang dieser Reise völlig ungewiss war, könnte man sie mit einem Flug zum Mond vergleichen. Am 14. Mai 1804 brach William Clark mit dem größten Teil der Truppe vom Stützpunkt am Wood River auf und erreichte zwei Tage später die französische Siedlung St. Charles. Hier warteten sie auf Meriwether Lewis, der am 21. Mai den Ort erreichte. Von hier aus fuhren sie nun gemeinsam den Missouri Flussaufwärts. Dabei war Clark für die Navigation und dem kartographieren des Gebietes verantwortlich, während Lewis am Ufer jagte, Proben von Pflanzen sammelte und Skizzen von der Natur anfertigte. Sie drangen immer tiefer in das unbekannte Land vor und waren fasziniert von der unbeschreiblichen Schönheit der Natur. Im Juli 1804 kam es beim heutigen Council Bluffs zum ersten Kontakt mit den Indianern.
Bei der Konferenz, die sie mit den Missouri, Omaha und Oto abhielten, überreichten sie als Geschenk Geldmünzen, auf denen der Kopf des "Großen Weißen Vaters" abgebildet war. Der einzige Mann, der von dieser Expedition nicht mehr heimkehrte, war Sergeant Floyd. Am 20. August 1804 starb er vermutlich an einer Blinddarmentzündung.
Lewis und Clark setzten mit eiserner Härte alles daran, die Disziplin zu wahren. So wurde ein Mann namens Moses Reed zum Spießrutenlaufen verurteilt, weil er desertierte. Ein anderer Mann -
Ende September 1804 hatte die Truppe ihre erste ernsthafte Auseinandersetzung mit den Indianer, bei der allerdings kein Schuss abgegeben wurden. Als sie das Gebiet der Teton Sioux erreichten, luden Lewis und Clark den Häuptling Black Buffalo an Bord ihres Kielbootes ein, um mit ihm zu verhandeln. Dieser zeigte jedoch kein Interesse an Verhandlungen und war den beiden sehr feindlich gesinnt. Daraufhin ließ Clark den Häuptling von seinen Männern an Land zurückbringen. Hier gab es dann eine handgreifliche Auseinandersetzung, die damit endete, das die Indianer ihre gespannten Bogen auf Clark und seine Männer richteten. Diese wiederum erwiderten die Bedrohung, indem sie mit ihren Gewehren die Indianer anvisierten. Clark, der mit eiserner Mine und mit dem Säbel in der Hand in der Schusslinie stand, befahl seinen Männer zurück zu rudern, um Hilfe zu holen. Die Ruhe, die er dabei ausstrahlte und den Mut, den er dabei bewies, beeindruckte die Indianer so, dass sie ihre Waffen senkten und sich zurückzogen.
