Wenn sich die Gefängnistore schlossen, war für viele Gefangene die Hoffnung dahin, das Zuchthaus jemals lebend zu verlassen. Dennoch gab es Insassen, die schon nach relativ kurzer Zeit begnadigt wurden. Einer davon hieß Frank Leslie, der wegen Mordes an einer Prostituierten zu lebenslanger Freiheitsstrafe verurteilt wurde. Nach sieben Jahren wurde er wegen guter Führung entlassen. Es gab aber auch Gefangenen, die auf eine vorzeitige
Entlassung nicht warten wollten. Zwar hatten einzelne Insassen kaum eine Chance, die gewaltigen Mauern zu überwinden, ein Gemeinschaftsausbruch erschien aber erfolg-versprechender zu sein. Im Juli 1884 kam es zu einer Gefängnisrevolte, dessen Anführer der Mexikaner Chico Wascaja war. Dieser tötete zunächst einen Wächter mit einem Messer und schaltete dann mit dessen Gewehr den Wärter auf dem Wachturm aus, auf dem sich ein Maschinengewehr befand. Nachdem er einen weiteren Wächter umgebracht hatte, lief eine Gruppe von Gefangenen zum Haupttor, um es zu durchbrechen. Unterdessen hatte aber schon die Frau des Gefängnisdirektors Frank Ingalls den Wachturm bestiegen. Sie übernahm das Maschinengewehr, feuerte eine Gabe auf die Gefangenen und vereitelte so den Ausbruch. Einige Männer wurden getötet, andere standen mit erhobenen Händen an der Mauer. Noch im gleichen Jahr wurde ein zweites Maschinengewehr auf dem mittlerweile zweiten Wachturm aufgestellt.
Am 27. Oktober 1887 kam es zu einem weiteren Ausbruchsversuch. Zu diesem Zeitpunkt wurde das Zuchthaus von Thomas Gates geleitet. Der Mexikaner Librado Puebla - ein zu lebenslanger Haft verurteilter Mörder - nahm an jenem Tag Gates als Geisel und lief mit weiteren sechs Gefangenen zum Haus des Direktors, nachdem er die Öffnung des Haupttors erzwungen hatte. Dort fand einer der Häftlinge einen Revolver, mit dem er das Feuer auf dem Wärter eröffnete, der auf dem Wachturm stand. Dieser erwiderte jedoch das Feuer und verletzte dabei Puebla. Weitere Wärter eilten herbei, um die Flüchtigen dingfest zu machen. Dabei kam es zunächst zu einem Handgemenge und schließlich fielen Schüsse. Drei der Häftlinge wurden dabei von den Wärtern getötet, drei weitere wurden verletzt. Als Thomas Gates schrie, man solle auf ihn keine Rücksicht nehmen, stieß Librado Puebla dem Direktor ein Messer in den Rücken und ins Genick. Dann wollte er ihm die Kehle durchschneiden. Im letzten Moment wurde Puebla jedoch von einer Kugel tödlich getroffen. Die Waffe wurden aber nicht von einem Wärter abgefeuert, sondern von dem Gefangenen Barney Riggs, der den im Handgemenge zu Boden gefallenen Revolver an sich nahm. Riggs rettete dem Direktor damit das Leben. Die Verletzungen von Thomas Gates waren aber so schwer, dass er seinen Posten aufgrund einer bleibenden Behinderung aufgeben musste. Sein Schicksal konnte er wohl nicht ertragen, denn am 13. März 1896 begann er Selbstmord. In 33 Jahren gelang 26 Häftlingen die Flucht. Acht Männer wurden dabei erschossen, viele wurden wieder eingefangen, nur wenige sah man nie mehr wieder. Einer davon hieß Joe Boot, der die letzte Postkutsche im Wilden Westen ausgeraubt hatte. Die Häftlinge, die wieder zurückgebracht wurden, hatten Glück, wenn ihnen "nur" Ketten mit Eisenkugeln an den Füßen geschmiedet wurden.
Denn die härteste Strafe war die Einlieferung in die Dunkelzelle, auch "Snake Den" genannt. Hierbei handelte es sich um ein 3 x 3 Meter großes Loch, das in einen Felsen eingeschlagen wurde. Diese Zelle war völlig leer, es gab keine Decke, keine Matratze, nicht einmal einen Eimer zur Verrichtung der Notdurft. Es herrschte völlige Dunkelheit. Ein kleines Loch in der Decke sorgte für nur wenig Frischluft. Als Nahrung gab es nur Wasser und einen kleinen Laib Brot. Die Dunkelzelle wurde deshalb "Snake Den" genannt, weil die Häftlinge manchmal auch von Skorpionen oder Schlangen heimgesucht und sogar gebissen wurden. Dennoch galt das Zuchthaus von Yuma als Mustergefängnis, denn die Gefangenen konnten dort lesen und schreiben lernen, und die medizinische Versorgung galt als vorbildlich. Unzählige Besucher ließen es sich nicht nehmen, gegen ein Eintrittsgeld durch das berühmte Gefängnistor ("Sallyport") zu gehen, den Gefangenen bei der Arbeit zuzuschauen und die Zellen zu besichtigen.
In der 33-jährigen Geschichte von Yuma waren 29 Frauen inhaftiert. Eine davon hieß Pearl Hart, die zusammen mit dem schon oben erwähnten Joe Boot die letzte Postkutsche überfallen hatte. Sie wurde aber wie viele anderen Frauen in Yuma vorzeitig wieder entlassen. 3069 Gefangene haben insgesamt in Yuma eingesessen, davon sind 111 gestorben. Im Jahre 1907 war das Zuchthaus so überfüllt, dass die Behörden von Arizona beschlossen, in Florence ein neuer Gefängnis zu bauen. Daraufhin wurde das Zuchthaus von Yuma geschlossen. Der letzte Gefangene, der am 15. September 1909 seine Zelle verließ, hieß C. J. Jackson.
